საქართველოს სახელმწიფო უსაფრთხოების სამსახურისათვის ერთ-ერთი მთავარი გამოწვევა ოკუპირებული ტერიტორიების არსებობა და იქ განთავსებული უცხო ქვეყნის სამხედრო ძალაა. ოკუპირებული აფხაზეთისა და ცხინვალის რეგიონის ტერიტორიაზე დიდი ოდენობით რუსული სამხედრო კონტინგენტი, თანამედროვე ტიპის მძიმე შეიარაღება, მათ შორის, შეტევითი სამხედრო ტექნიკის არსებობა, სახელმწიფოსთვის ეგზისტენციალურ საფრთხეს წარმოადგენს.
რუსეთის ფედერაციის მხრიდან ოკუპირებული ტერიტორიების ანექსიის მცდელობა, იქ არსებული მძიმე კრიმინოგენული ვითარება (გამოსასყიდის მიღების მიზნით ადამიანების გატაცებები, ყაჩაღობები, მკვლელობები, მოსახლეობაზე თავდასხმა), ქართული მოსახლეობის დისკრიმინაცია, საქართველოს მოქალაქეების უკანონო დაკავება (ე.წ. საზღვრის უკანონო კვეთის ბრალდებით), ე.წ. ბორდერიზაციის პროცესი (მავთულხლართების, ღობეების, ე.წ. საზღვრის აღმნიშვნელი ბანერების აღმართვა და ტრანშეების გათხრა), თავისუფალი გადაადგილებისა და განათლების ხელმისაწვდომობის შეზღუდვა, ინტენსიური სამხედრო წვრთნები ოკუპირებულ ტერიტორიებზე, ასევე ცენტრალური ხელისუფლების მიერ კონტროლირებადი საჰაერო სივრცის რუსული სამხედრო თვითმფრინავების, ვერტმფრენებისა და უპილოტო საფრენი აპარატების მიერ დარღვევის ფაქტები და ოკუპირებული ტერიტორიების შესახებ საქართველოს კანონის დარღვევა საფრთხეს უქმნის ქვეყნის უსაფრთხოებას.
ოკუპირებული ტერიტორიებიდან მომდინარე საფრთხეების შეკავებისა და რუსეთის ფედერაციის მხრიდან ანექსიისკენ მიმართული პროცესებისთვის ხელშეშლის მიზნით, საქართველოს სახელმწიფო უსაფრთხოების სამსახური ახდენს განვითარებული პროცესების შეფასებას, ატარებს შესაბამის ღონისძიებებს, აქტიურად მონაწილეობს ანექსიის წინააღმდეგ (პრევენციის) მიმართული პოლიტიკის, ასევე დეოკუპაციის მიმართულებით ნაბიჯების შემუშავებასა და განხორციელებაში. ინფორმაცია ოკუპირებული ტერიტორიებიდან მომდინარე საფრთხეებისა და იქ განვითარებული პროცესების შესახებ მუდმივად მიეწოდება შესაბამის სახელმწიფო უწყებებსა და საერთაშორისო პარტნიორებს.
უსაფრთხოების სამსახური, საოკუპაციო ხაზის გასწვრივ მშვიდობიანი მოსახლეობის უსაფრთხოებისა და ადამიანის უფლებების მაქსიმალური დაცულობის უზრუნველყოფის მიზნით, მის ხელთ არსებული ყველა მექანიზმის გამოყენებით, სხვა პასუხისმგებელ უწყებებთან ერთად, ახორციელებს ადგილზე უსაფრთხოების ღონისძიებების კოორდინაციას.
2015 წლის 1 აგვისტოდან, სახელმწიფო უსაფრთხოების სამსახური წამყვანი უწყებაა ცენტრალური ხელისუფლების მხრიდან ინციდენტების პრევენციისა და მათზე რეაგირების მექანიზმის (IPRM) ფორმატის შეხვედრებში. აღნიშნული მექანიზმის ფარგლებში, სუს-ი მუდმივად აყენებს საოკუპაციო ხაზის გასწვრივ და ოკუპირებულ ტერიტორიებზე ინციდენტების, ადამიანის უფლებების დარღვევის, ე.წ. სასაზღვრო ინფრასტრუქტურის უკანონო მოწყობის საკითხებს, ასევე საუბრობს საოკუპაციო ძალისა და დე ფაქტო ხელისუფლების მხრიდან სხვა უკანონო ქმედებებზე. სუს-ი ჩართულია ჟენევის საერთაშორისო დისკუსიებშიც.
ოკუპირებული აფხაზეთის მიმართულებით (გალში), ჩვენი ხელისუფლებისა და ჟენევის დისკუსიების თანათავმჯდომარეების ძალისხმევის შედეგად, 2016 წლის 23 მარტს, ჟენევის საერთაშორისო დისკუსიების 35-ე რაუნდზე, მიღწეულ იქნა შეთანხმება გალში აღნიშნული შეხვედრების განახლებასთან დაკავშირებით. პირველი შეხვედრა გაიმართა 2016 წლის 27 მაისს.
IPRM-ის ფარგლებში შექმნილი ერთ-ერთი ეფექტიანი მექანიზმია ე.წ. „ცხელი ხაზი“, რომელიც 24-საათიანი კავშირის საშუალებას წარმოადგენს სუს-ის, ევროკავშირის სადამკვირვებლო მისიის (EUMM), რუსეთის ფედერაციის საოკუპაციო ძალებისა და ოკუპირებული ტერიტორიების დე ფაქტო მთავრობების წარმომადგენლებს შორის. ცენტრალური ხელისუფლების სახელით, მათთან კომუნიკაციას „ცხელი ხაზის“ მეშვეობით, სუს-ის მეკავშირე-ოფიცერი ახორციელებს.
უკანონოდ დაკავებულთა დროულად გასათავისუფლებლად, სახელმწიფო უსაფრთხოების სამსახური იყენებს მის ხელთ არსებულ ყველა მექანიზმს, მათ შორის „ცხელ ხაზსა“ და IPRM-ის შეხვედრებს (სადაც სხვა თემებთან ერთად განიხილება უკანონოდ დაკავებულთა გათავისუფლების საკითხები).
სახელმწიფო უსაფრთხოების სამსახური განსაკუთრებულ ყურადღებას უთმობს საქართველოში ევროკავშირის სადამკვირვებლო მისიასთან (EUMM) თანამშრომლობას. მისია, საოკუპაციო ხაზის მიმდებარედ, მშვიდობისა და სტაბილურობის შენარჩუნებაში ერთ-ერთი ყველაზე დიდი კონტრიბუტორი და, ამასთანავე, ერთადერთი საერთაშორისო მონიტორია რეგიონში. სახელმწიფო უსაფრთხოების სამსახურსა და მისიას შორის 2015 წლის დეკემბერში ხელი მოეწერა ურთიერთთანამშრომლობის მემორანდუმს.
სამსახური ასევე აქტიურად თანამშრომლობს წითელი ჯვრის საერთაშორისო კომიტეტთან (ICRC) ისეთ საკითხებზე, როგორებიცაა ოკუპირებული ცხინვალის რეგიონში მცხოვრები მოსახლეობისთვის გადაუდებელი სამედიცინო დახმარების გაწევა და მათი საქართველოს ცენტრალური ხელისუფლების მიერ კონტროლირებად ტერიტორიაზე გადმოყვანა. ასევე, აღსანიშნავია თანამშრომლობა გაერო-სთან.
სუს-ი ჩართულია წითელი ჯვრის საერთაშორისო კომიტეტის ეგიდით ორგანიზებულ სამმხრივი შეხვედრების ფორმატში, რომელიც 90-იანი წლების კონფლიქტებისა და 2008 წლის რუსეთ-საქართველოს ომის დროს უგზო-უკვლოდ დაკარგულ და დაღუპულ პირთა მოძიებას ითვალისწინებს.
უსაფრთხოების სამსახური აქტიურად მონაწილეობს ოკუპირებული ტერიტორიების საკითხებზე მომუშავე უწყებათაშორის ფორმატებში: ,,გამყოფი ხაზის“ მიმდებარე სოფლებში დაზარალებული მოსახლეობის საჭიროებებზე რეაგირების დროებითი სამთავრობო კომისია, „კონფლიქტურ ტერიტორიებზე მიმდინარე პროცესებთან დაკავშირებით“ საქართველოს პრემიერ-მინისტრთან არსებული უწყებათაშორისი სამუშაო ჯგუფი და სახელმწიფო უსაფრთხოების და კრიზისების მართვის საბჭოს აპარატის ეგიდით შექმნილი უწყებათაშორისი სამუშაო ჯგუფი.
